A templom múzeumi része már teljesen megújult. A Mátyás templom belső terének felújítása során többek között a teljes falfelületet mellett 600 négyzetméternyi falkép és 11 ezer négyzetméternyi díszítőfestés helyreállítását kell elvégezni. A templom rekonstrukcióját várhatóan 2013. tavaszán fejezik be.
A Nagyboldogasszony tiszteletére szentelt templom építése IV. Béla király idején kezdődött kora gótikus stílusban (1255-1269). Ebből a korból származik az északi torony. I. (Nagy) Lajos építtette a déli, úgynevezett Mária-kaput a XV. században (a látogatók ma itt léphetnek be), majd Zsigmond és a mindkét esküvőjét itt tartó Mátyás király bővíttette tovább a templomot. Utóbbi a hollós címerével díszített, hatvan méter magas déli toronnyal, 1470-ben. Innen származik a gyakrabban használatos Mátyás-templom elnevezés. A török uralom alatt mecsetté alakították, majd a vár visszafoglalása után barokk stílusban átépítették. 1895-1903-ban Schulek Frigyes (1841-1919) tervei alapján neogótikus stílusban felújították. Ekkor készültek a ma látható freskók és belső díszítések a kor legnevesebb művészei, Lotz Károly (1833-1904), Székely Bertalan (1833-1904), Zichy Mihály (1825-1906) közreműködésével.